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Diversidad bacteriana asociada al cultivo de papa criolla (Solanum tuberosum Grupo Phureja) en suelos descansados y tratados con agroquímicos.
dc.contributor.advisor | Posada Buitrago, Martha Lucía | |
dc.contributor.author | Parra Pérez, Eliana Mitzin | |
dc.date.accessioned | 2024-05-22T17:45:27Z | |
dc.date.available | 2024-05-22T17:45:27Z | |
dc.date.issued | 2023-06 | |
dc.identifier.uri | https://repositorio.unicolmayor.edu.co/handle/unicolmayor/6901 | |
dc.description.abstract | En Colombia, la papa es uno de los alimentos más consumidos por sus valores nutricionales y su bajo costo, por lo tanto, tiene un rol fundamental en la seguridad y soberanía alimentaria del país. Esta investigación consistió en un análisis comparativo a nivel fisicoquímico y de la diversidad bacteriana entre suelos cultivados de papa criolla sometidos al uso de agroquímicos en estado vegetativo y de madurez y cosecha, y suelos descansados de un año y uno de diez años después de una quema, asociados al cultivo de papa criolla con crecimiento natural de pasto. Los cuatro suelos mostraron diferencias en los niveles de elementos mayores, capacidad de intercambio catiónico, pH, relaciones catiónicas, materia y carbono orgánico entre los suelos tratados con agroquímicos y los suelos en estado de descanso, así como en los phyla, las clases y los géneros bacterianos y las abundancias según taxón y tipo de suelo. En los cuatro suelos, los phyla predominantes fueron Proteobacteria y Actinobacteria, junto con las clases Alphaproteobacteria y Actinobacteria. La diversidad alfa y la diversidad beta, calculadas con los índices ecológicos de Shannon y Margaleft, y Sorensen y Jaccard, respectivamente, mostraron que el suelo sometido a quema controlada y descanso de diez años presentaba una diversidad más baja y alta disimilitud con respecto a los demás suelos. Mediante una revisión bibliográfica sobre las bacterias identificadas en los cuatro suelos, se determinó que en su mayoría están involucradas en ciclos biogeoquímicos, producción de fitohormonas y protección contra patógenos, además de las bacterias biorremediadoras de hidrocarburos y metales pesados, microorganismos resistentes a altas condiciones de estrés encontradas en el suelo sometido a la quema controlada. | spa |
dc.description.abstract | In Colombia, potato is one of the most consumed foods because of its nutritional values and low cost; therefore, it has a fundamental role in the country's food security and sovereignty. This research consisted of a comparative analysis at the physicochemical level and of bacterial diversity between soils cultivated with creole potato (Solanum tuberosum Phureja Group) subjected to the use of agrochemicals at the vegetative and at maturity and harvest states, and soils rested for one year and one for ten years after burning with natural grass growth, that were associated with the cultivation of creole potato. The four soils showed differences in the levels of major elements, cation exchange capacity, pH, cation ratios, organic matter and organic carbon between the agrochemical-treated soils and the rested soils, as well as in bacterial phyla, classes and genera, and abundances according to taxon and soil type. In the four soils, the predominant phyla were Proteobacteria and Actinobacteria, together with the classes Alphaproteobacteria and Actinobacteria. The alpha and beta diversity, calculated with the ecological indexes of Shannon and Margaleft, and Sorensen and Jaccard, respectively, showed that the soil subjected to controlled burning and a ten-year rest had a lower diversity and high dissimilarity with respect to the other soils. Through a bibliographic review of the bacteria identified in the four soils, it was determined that most of them are involved in biogeochemical cycles, phytohormone production and protection against pathogens, in addition to hydrocarbon and heavy metal bioremediation bacteria, microorganisms resistant to the high stress conditions found in the soil subjected to controlled burning and ten years rest. | eng |
dc.description.tableofcontents | Contenido LISTA DE FIGURAS 7 LISTA DE TABLAS 8 LISTA DE SÍMBOLOS Y ABREVIATURAS 9 RESUMEN 11 ABSTRACT12 1. INTRODUCCIÓN 1 1.1 PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA 2 1.2 JUSTIFICACIÓN 13 2. OBJETIVOS 14 2.1 OBJETIVO GENERAL 14 2.2 OBJETIVOS ESPECÍFICOS 14 3. MARCO CONCEPTUAL Y GENERALIDADES 15 3.1 ESTADO DEL ARTE 15 3.2 SOLANUM TUBEROSUM GRUPO PHUREJA21 3.3 TIPO DE SUELO DEDICADO AL CULTIVO DE PAPA CRIOLLA (SOLANUM TUBEROSUM GRUPO PHUREJA ... 23 3.4 CICLOS BIOGEOQUÍMICOS INVOLUCRADOS EN EL SUELO 25 3.4.1 Ciclo del Carbono 25 3.4.2 Ciclo del Nitrógeno 26 3.4.3 Nitrificación 27 3.4.4 Desnitrificación 27 3.4.5 Asimilación 27 3.4.6 Amonificación 27 3.4.7 Ciclo del Fósforo 28 3.5 AGROQUÍMICOS 29 3.5.1 Fungicidas 30 3.5.2 Herbicidas 30 3.5.3 Insecticidas 30 3.6 REACCIÓN EN CADENA DE LA POLIMERASA (PCR) 30 3.7 ARNR 16S 31 3.8 METATAXONÓMICA 31 3.9 DADA2 32 3.10 QIIME 32 3.11 ALGORITMO BLAST (BASIC LOCAL ALIGNMENT SEARCH TOOL) 33 3.12 ÍNDICES ECOLÓGICOS DE DIVERSIDAD Y SIMILITUD DE ESPECIES 33 3.12.1 Diversidad alfa: 34 3.12.1.1 Índice de Shannon: 34 3.12.1.2 Índice de Margalef: 34 3.12.1.3 Dominancia de Simpson: 35 3.12.1.4 Diversidad de Simpson: 36 3.12.2 Diversidad beta: 36 3.12.2.1 Índice de Sorensen: 37 3.12.2.2 Índice de Jaccard: 37 4.1 UBICACIÓN ÁREA DE ESTUDIO 39 4.1.1 Área de campo 39 4.2 PROCEDIMIENTOS 42 4.2.1 MUESTREO 42 4.3 ANÁLISIS DE CARACTERÍSTICAS FISICOQUÍMICAS DEL SUELO 43 4.4 EXTRACCIÓN DE ADN DE ALTO PESO MOLECULAR 44 4.5 VERIFICACIÓN DE CALIDAD DE ADN PARA SECUENCIACIÓN 44 4.6 SECUENCIACIÓN 45 4.7 ANÁLISIS BIOINFORMÁTICO 45 5. RESULTADOS Y DISCUSIÓN 46 5.1 MUESTREO 46 5.2 ANÁLISIS DE CARACTERÍSTICAS FISICOQUÍMICAS DE LOS SUELOS ESTUDIADOS 49 5.3 EXTRACCIÓN DE ADN DE ALTO PESO MOLECULAR 59 5.4 DETERMINACIÓN DE LA CONCENTRACIÓN Y PUREZA DE LAS MUESTRAS POR ESPECTROFOTOMETRÍA Y PCR 60 5.5 SECUENCIACIÓN Y ANÁLISIS BIOINFORMÁTICO 61 6. CONCLUSIONES 89 7. RECOMENDACIONES 92 ANEXOS 115 8. ANEXO 1 PROTOCOLO DE EXTRACCIÓN DE ADN 115 9. ANEXO 2 COMPOSICIÓN PROCARIOTA 16S 116 9.1 Diagrama de barras a nivel de Clase 116 9.2 Mapa de calor composición procariota a nivel de clase 117 9.3 Tabla de diversidad taxonómica a nivel de clase 117 9.4 Diagrama de barras a nivel de orden 119 9.5 Mapa de composición procariota a nivel de orden 120 9.6 Tabla de diversidad taxonómica a nivel de orden 120 9.7 Diagrama de barras a nivel de familia 123 9.8 Mapa de calor composición procariota a nivel de familia 124 9.9 Tabla de diversidad taxonómica a nivel de familia 125 9.10 Diagrama de barras a nivel de género 129 9.11 Mapa de composición procariota a nivel de género 130 9.12 Tabla de diversidad taxonómica a nivel de género130 9.13 Diagrama de barras a nivel de especie 141 9.14 Mapa de calor composición procariota a nivel de especie 141 9.15 Tabla de diversidad taxonómica a nivel de especie 142 | spa |
dc.format.extent | 180p. | spa |
dc.format.mimetype | application/pdf | spa |
dc.language.iso | spa | spa |
dc.publisher | Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca | spa |
dc.rights | Derechos Reservados - Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca, 2024 | spa |
dc.rights.uri | https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/ | spa |
dc.title | Diversidad bacteriana asociada al cultivo de papa criolla (Solanum tuberosum Grupo Phureja) en suelos descansados y tratados con agroquímicos. | spa |
dc.type | Trabajo de grado - Maestría | spa |
dc.contributor.corporatename | Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca | spa |
dc.contributor.researchgroup | CEPARIUM | spa |
dc.description.degreelevel | Maestría | spa |
dc.description.degreename | Magíster en Microbiología | spa |
dc.description.researcharea | Ecología Microbiana | spa |
dc.publisher.faculty | Facultad de Ciencias de la Salud | spa |
dc.publisher.place | Bogotá D.C, Colombia | spa |
dc.publisher.program | Maestría en Microbiología | spa |
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