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Búsqueda de regiones homólogas a péptidos antimicrobianos en el genoma de Solanum lycopersicum con acción frente a Ralstonia solanacearum

Cortés Hernández, Alexandra (Universidad Colegio Mayor de CundinamarcaFacultad de Ciencias de la SaludBogotáBacteriología y Laboratorio Clínico, 2019)

La marchitez bacteriana en cultivos de tomate (Solanum lycopersicum), ocasionada por Ralstonia solanacearum, causante de grandes pérdidas en los cultivos. Las plantas poseen un elaborado sistema inmune, no obstante, ...
Docking molecular en las proteínas PB1, PB2 y PA del virus de la Influenza A (H1N1) a partir de secuencias de aminoácidos reportadas en Suramérica durante el periodo 2000 a 2017.

Ayala García, Jairo Andrés; Malagón Osorio, Paula Andrea (Universidad Colegio Mayor de CundinamarcaFacultad de Ciencias de la SaludBogotáBacteriología y Laboratorio Clínico, 2019)

La enfermedad por virus de la Influenza, es uno de los eventos epidemiológicos que año tras año, genera gran interés en salud pública debido a su fácil propagación entre los seres humanos. Es causada principalmente por ...
Efecto de la salinidad sobre la abundancia de genes asociados a la síntesis y resistencia de compuestos antimicrobianos en la desembocadura del río Ranchería en la Guajira.

Daza Giraldo, Libia Vanessa (Universidad Colegio Mayor de CundinamarcaFacultad de Ciencias de la SaludBogotá DCBacteriología y Laboratorio Clínico, 2019-06)

La salinidad en los manglares afecta la producción de metabolitos secundarios, los cuales son de interés biotecnológico como los compuestos antimicrobianos. Sin embargo, la información de la biosíntesis de metabolitos ...

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Búsqueda de regiones homólogas a péptidos antimicrobianos en el genoma de Solanum lycopersicum con acción frente a Ralstonia solanacearum
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Posada Buitrago, Martha Lucía | 2019

La marchitez bacteriana en cultivos de tomate (Solanum lycopersicum), ocasionada por Ralstonia solanacearum, causante de grandes pérdidas en los cultivos. Las plantas poseen un elaborado sistema inmune, no obstante, los fitopatógenos buscan estrategias para evadir sus mecanismos de defensa y lograr invadirlas, causando que los agricultores realicen una alta inversión económica para su control. El objetivo de este trabajo es la búsqueda de regiones homólogas a péptidos antimicrobianos en el genoma de Solanum lycopersicum, que presenten un potencial efecto contra Ralstonia solanacearum. Por medio de bases de datos de Péptidos antimicrobianos (AMP) se eligieron tres péptidos tipo Defensinas encontrados en Spinacia oleracea (D1, D2, D5), luego se realizó un alineamiento de la secuencia de estos con 256 genes de Solanum lycopersicum, de los cuales tres presentaron homología con D1, se compararon los alineamientos para hallar las posiciones que presentaran cambios de aminoácidos. Por medio de I- TASSER se generó el modelo de la estructura 3D de D1 y se graficaron siete zonas con variaciones; las funciones de las posiciones afectadas fueron estudiadas, considerando las propiedades de los aminoácidos y se analizó la 12 secuencia de los péptidos homólogos en APD3, los resultados revelaron que los péptidos corresponden a AMP tipo Defensinas, coincidiendo con D1, además, los aminoácidos modificados compartieron características, por ende, se concluyó que estas variaciones no afectarían la acción antimicrobiana de los péptidos homólogos y presentarían un alto potencial para brindar una nueva estrategia de control contra la marchitez bacteriana.

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Docking molecular en las proteínas PB1, PB2 y PA del virus de la Influenza A (H1N1) a partir de secuencias de aminoácidos reportadas en Suramérica durante el periodo 2000 a 2017.
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Rodríguez Panduro, Mauricio Humberto | 2019

La enfermedad por virus de la Influenza, es uno de los eventos epidemiológicos que año tras año, genera gran interés en salud pública debido a su fácil propagación entre los seres humanos. Es causada principalmente por el virus de la Influenza A (H1N1), un virus de la familia Orthomyxoviridae que tiene su material genético de tipo ARN segmentado de carga negativa, el cual está dividido en ocho segmentos que codifican las distintas proteínas que conforman la estructura y funcionamiento del virus. Es caracterizada por presentar sintomatología respiratoria común como tos, fiebre, adinamia, rinorrea y cefalea. Esta investigación tuvo como objetivo la generación de acoplamiento molecular entre una molécula ligando capaz de bloquear la acción de la enzima ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRp) conformada por las proteínas PB1, PB2 y PA, para poder evitar la replicación del virus. Para esto fue necesario determinar las secuencias de aminoácidos conservadas de las proteínas PB1, PB2 y PA, obtenidas en bases de datos del Centro Nacional para la Información Biotecnológica-NCBI, las cuales se alinearon, analizaron y acoplaron con 5 ligandos por medio de herramientas bioinformáticas como Muscle, Unipro Ugene, AutoDock Vina, entre otros. Los resultados de este estudio arrojaron que la enzima RdRp, presenta una alta conservación en su conformación de aminoácidos, con porcentajes de 95,5%, 93,9% y 96,0%. Además de ello, se logró determinar que el derivado 5,6-difenil-N-piperidin-1-ilpirazina-2-carboxamida es un ligando óptimo para hacer el docking, con una afinidad de -8.0, -7,9 y -8,6 Kcal/mol 13 respectivamente con las proteínas PB1, PB2 y PA. Se logra concluir que es posible generar acoplamiento molecular en las proteínas que conforman la enzima RdRp del virus de la Influenza A (H1N1), con ligandos análogos del antiviral favipiravir; en miras de un futuro estudio experimental para lograr un fármaco para el tratamiento antiviral de la enfermedad por virus de la Influenza A (H1N1).

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Efecto de la salinidad sobre la abundancia de genes asociados a la síntesis y resistencia de compuestos antimicrobianos en la desembocadura del río Ranchería en la Guajira.
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Vanegas Guerrero, Javier | 2019-06

La salinidad en los manglares afecta la producción de metabolitos secundarios, los cuales son de interés biotecnológico como los compuestos antimicrobianos. Sin embargo, la información de la biosíntesis de metabolitos secundarios, la resistencia microbiana y el efecto de la salinidad en la expresión de los genes en los ecosistemas de manglar es limitada. El objetivo principal de este trabajo fue determinar el efecto de la salinidad sobre la abundancia de genes asociados a la síntesis y resistencia de compuestos antimicrobianos presentes en el suelo rizosférico utilizando metagenómica y bioinformática. Por medio de la extracción de ADN, se secuenciaron en la plataforma Illumina HiSeq y análisis de los datos utilizando la plataforma web MicrobiomeAnalyst y STAMP. Se encontró que las abundancias de genes presentaron diferencias significativas en relación con los gradientes de salinidad baja, media y alta de la comunidad bacteriana del manglar en la desembocadura del Río Ranchería y se estableció la diversidad funcional de los genes con actividad antimicrobiana y la resistencia de estas, siendo Streptomycin biosynthesis la vía más abundante asociada a la síntesis de antimicrobianos en los tres puntos de salinidad y el gen más abundante K01710 (E4.2.1.46, rfbB, rffG; dTDP-glucose 4,6-dehydratase) igualmente en los tres puntos de salinidad.

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Docking molecular en las proteínas PB1, PB2 y PA del virus de la Influenza A (H1N1) a partir de secuencias de aminoácidos reportadas en Suramérica durante el periodo 2000 a 2017.

Efecto de la salinidad sobre la abundancia de genes asociados a la síntesis y resistencia de compuestos antimicrobianos en la desembocadura del río Ranchería en la Guajira.

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Efecto de la salinidad sobre la abundancia de genes asociados a la síntesis y resistencia de compuestos antimicrobianos en la desembocadura del río Ranchería en la Guajira.

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Docking molecular en las proteínas PB1, PB2 y PA del virus de la Influenza A (H1N1) a partir de secuencias de aminoácidos reportadas en Suramérica durante el periodo 2000 a 2017.

Efecto de la salinidad sobre la abundancia de genes asociados a la síntesis y resistencia de compuestos antimicrobianos en la desembocadura del río Ranchería en la Guajira.

Búsqueda de regiones homólogas a péptidos antimicrobianos en el genoma de Solanum lycopersicum con acción frente a Ralstonia solanacearum

Docking molecular en las proteínas PB1, PB2 y PA del virus de la Influenza A (H1N1) a partir de secuencias de aminoácidos reportadas en Suramérica durante el periodo 2000 a 2017.

Efecto de la salinidad sobre la abundancia de genes asociados a la síntesis y resistencia de compuestos antimicrobianos en la desembocadura del río Ranchería en la Guajira.